Der Flügelaltar geht auf das späte 15. Jahrhundert zurück, gehörte sicherlich auch zur Erstausstattung des Hochchors und ist der einzige von ursprünglich fünf Altären, der die Reformation wenigstens in Teilen überdauert hat.
Erhalten ist aus dieser Zeit noch der spätgotische Baldachin mit dem reichhaltigen Schnitzwerk als Bekrönung. Im unteren Teil wurde der einstige Schnitzaltarschrein nach der Reformation (und zwar 1577) durch Einsetzen einer großen Tafel zu einem protestantischen Schriftaltar im Renaissancestil umgestaltet. Die Beschriftung in Goldbuchstaben auf azuritblauem Hintergrund zeigt in mittelniederdeutscher Sprache auf der Mitteltafel die Einsetzungsworte zum Abendmahl, auf den Flügeln zu beiden Seiten weitere Bibeltexte zum Abendmahl und auf den Außenseiten die Zehn Gebote. Da zu der Zeit reformierte Pastoren bestimmend waren, enthalten die Gebote auch das Bilderverbot: „DV SCHALT DY NENE BILDE NOCH GELIKENISSE MAKE. BEDE SE NICHT AN VND DENE EN NICHT“, das durch den Umbau des spätgotischen Schnitzaltars (wahrscheinlich eines Marienaltars) mit der Entfernung der Figuren und Bilder befolgt worden war.
Als nur zwei Jahre später Graf Edzard II. (s. Fürstenstuhl), gestützt auf die lutherische Mehrheit der Gemeinde, das lutherische Bekenntnis in Norden endgültig durchgesetzt hatte, wurde der Altar verschlossen und vermutlich erst 1682 wieder geöffnet, nun lutherisch ausgeschmückt mit den wolkenumgebenen Engelsköpfen an den vier Ecken der Mitteltafel.
1785, also wiederum ein Jahrhundert später, wurden die inneren Schrifttafeln durch spätbarocke Gemälde des Groninger Historienmalers de Hosson verdeckt und die Zehn Gebote einfarbig übermalt.
Die drei Gemälde – in der Mitte war das Abendmahl und zu beiden Seiten die Kreuzigung und Kreuzabnahme Jesu dargestellt – prägten nun zwei Jahrhunderte lang das Aussehen des Altars, bis 1983 die Leinwand zur Restaurierung der Gemälde abgenommen werden musste und auf diese Weise die fast unversehrte alte Beschriftung zum Vorschein kam. Die Gemälde wurden gerahmt und fanden einen neuen Platz an der Südwand des Langschiffs, während der wiederentdeckte, zweihundert Jahre ältere Schriftaltar wiederhergestellt wurde.
Die beiden Kniebänke waren im 18. Jahrhundert (wahrscheinlich 1785) hinzugefügt worden, als die Wandelkommunion üblich war, bei der man auf der linken Seite kniend zunächst das Brot in Empfang nahm, dann hinten um den Altar herumging und auf der rechten Seite wiederum kniend den Wein gereicht bekam.